O Coordenador Científico é eleito pelo Conselho Científico, de entre os seus membros, por um período de três anos. O Coordenador Científico é igualmente o Director do Centro.
A Comissão de Aconselhamento Científico é constituída por personalidades de reconhecido mérito científico nacional e internacional, no âmbito das áreas de conhecimento abrangidas pelo CeiED.