O Coordenador Científico é eleito pelo Conselho Científico, de entre os seus membros, por um período de três anos. O Coordenador Científico é igualmente o Diretor do Centro.

A Comissão Diretiva representa a diversidade da composição e atividade do CeiED.

A Comissão Executiva é um órgão executivo proposto pelo Diretor e aprovado pelo Conselho Científico que assegura o funcionamento regular do CeiED, garante a gestão administrativa e financeira, a partir da elaboração das propostas de plano de atividades e de orçamento, e o apoio na implementação e no cumprimento dos objetivos definidos de acordo com o plano estratégico da unidade.

O Conselho Científico é constituído por todos os Investigadores Integrados Doutorados do CeiED.

A Comissão de Ética tem a missão de promover elevados padrões éticos no CeiED, podendo apresentar propostas ou recomendações nesse sentido e pronunciar-se sobre questões éticas suscitadas nas áreas do ensino, da investigação científica e da prestação de serviços à comunidade.

A Comissão Externa de Aconselhamento Científico é constituída por personalidades de reconhecido mérito científico nacional e internacional, no âmbito das áreas de conhecimento abrangidas pelo CeiED.