A Comissão Executiva é um órgão executivo proposto pelo Diretor e aprovado pelo Conselho Científico que assegura o funcionamento regular do CeiED, garante a gestão administrativa e financeira, a partir da elaboração das propostas de plano de atividades e de orçamento, e o apoio na implementação e no cumprimento dos objetivos definidos de acordo com o plano estratégico da unidade.